Data import and export in Scarf¶
[1]:
%load_ext autotime
import scarf
scarf.__version__
[1]:
'0.7.8'
time: 1.57 s (started: 2021-08-22 18:00:49 +00:00)
1) Fetch datsets from cloud repository¶
Scarf stores many single-cell datasets online on OSF. Herein datasets are stored in many different formats including MTX, 10x HDF5 and H5ad(anndata). These files can readily be downlaoded using Scarf’s fetch_dataset command.
To check which datasets are available to download, use the show_available_datasets function
[2]:
scarf.show_available_datasets()
baron_8K_pancreas_rnaseq
bastidas-ponce_4K_pancreas-d15_rnaseq
cao_2.1M_moca_rnaseq
cao_4.9M_fetal_rnaseq
cusanovich_81K_mouse_atacseq
domcke_721K_fetal_atacseq
hca_783K_blood_rnaseq
kang_14K_ifnb-pbmc_rnaseq
kang_15K_pbmc_rnaseq
lecun_60K_mnist_images
muraro_2K_pancreas_rnaseq
saunders_110K_brain_rnaseq
segerstolpe_2K_pancreas_rnaseq
tenx_1.3M_brain_rnaseq
tenx_10K_pbmc_atacseq
tenx_3K_pbmc_multiome-gex-atac
tenx_5K_pbmc_rnaseq
tenx_8K_pbmc_citeseq
xin_1K_pancreas_rnaseq
zalando_60K_fmnist_images
zeisel_161K_nervous_rnaseq
zheng_69K_pbmc_rnaseq
time: 7.05 s (started: 2021-08-22 18:00:50 +00:00)
Naming format: Datasets are named using this rule: <author>*<number of cells>*<cell/tissue type or species>_<single-cell method>
Now using any of these dataset names we can download the dataset of our choice:
[3]:
# This dataset is in Cellranger (10x) HDF5 format.
scarf.fetch_dataset('tenx_10K_pbmc_atacseq', save_path='./scarf_datasets')
INFO: Download started...
--2021-08-22 18:00:58-- https://files.de-1.osf.io/v1/resources/zeupv/providers/osfstorage/609376675533b40442e249ab
Resolving files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)... 35.186.249.111
Connecting to files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)|35.186.249.111|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
Location: https://storage.googleapis.com/cos-osf-prod-files-de-1/f6ce35654605c1e034e29fd1bc9fedd4feb947b937d7eec8a1ddaff4cdb19cc8?response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3D%22data.h5%22%3B%20filename%2A%3DUTF-8%27%27data.h5&GoogleAccessId=files-de-1%40cos-osf-prod.iam.gserviceaccount.com&Expires=1629655319&Signature=X6L2kncV4Z7Dsv80shX76DggdxPpR31XquNvRjfexWLdi4Z3nPGjFqu1xbJVVJ5kHc0iSfPQ2ziMfurDzWpAcMBsEtCo0%2B88Mz2CXAn0e4W2E5XmhlWhMIDkX7YbS5mzyj3JO9rfCQNua0vTFuRQqZM9DdX4AjnbrKmYaE%2FTFyZiSibZK7omgmyZjf0%2B3kZA6p%2FDzqeDMrHVjk2oXIhNtF3lFyWO9ZqBfEDXMkirWfMIWEtu8IC6K%2Bt%2BxPRVD1fn6%2FKv0wfLmlE2x4qXhhcLMXiWeZuyXVKzqNFX1s%2BAbq9KyBaTRwlZpDELBtuS40u8fCVKgNs9daU5RRyDAEVS8g%3D%3D [following]
--2021-08-22 18:00:59-- https://storage.googleapis.com/cos-osf-prod-files-de-1/f6ce35654605c1e034e29fd1bc9fedd4feb947b937d7eec8a1ddaff4cdb19cc8?response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3D%22data.h5%22%3B%20filename%2A%3DUTF-8%27%27data.h5&GoogleAccessId=files-de-1%40cos-osf-prod.iam.gserviceaccount.com&Expires=1629655319&Signature=X6L2kncV4Z7Dsv80shX76DggdxPpR31XquNvRjfexWLdi4Z3nPGjFqu1xbJVVJ5kHc0iSfPQ2ziMfurDzWpAcMBsEtCo0%2B88Mz2CXAn0e4W2E5XmhlWhMIDkX7YbS5mzyj3JO9rfCQNua0vTFuRQqZM9DdX4AjnbrKmYaE%2FTFyZiSibZK7omgmyZjf0%2B3kZA6p%2FDzqeDMrHVjk2oXIhNtF3lFyWO9ZqBfEDXMkirWfMIWEtu8IC6K%2Bt%2BxPRVD1fn6%2FKv0wfLmlE2x4qXhhcLMXiWeZuyXVKzqNFX1s%2BAbq9KyBaTRwlZpDELBtuS40u8fCVKgNs9daU5RRyDAEVS8g%3D%3D
Resolving storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)... 172.217.4.48, 172.217.4.80, 172.217.4.208, ...
Connecting to storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)|172.217.4.48|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 101645338 (97M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘./scarf_datasets/tenx_10K_pbmc_atacseq/data.h5’
0K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 1.74M 56s
50K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 2.77M 45s
100K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 5.10M 37s
150K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 7.60M 31s
200K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 7.54M 27s
250K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 10.3M 24s
300K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 13.3M 22s
350K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 15.6M 20s
400K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 12.7M 18s
450K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 15.5M 17s
500K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 58.1M 16s
550K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 20.0M 15s
600K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 8.89M 14s
650K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 31.0M 14s
700K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 11.4M 13s
750K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 10.2M 13s
800K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 10.3M 13s
850K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 73.8M 12s
900K .......... .......... .......... .......... .......... 0% 60.4M 12s
950K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 66.3M 11s
1000K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 89.7M 11s
1050K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 115M 10s
1100K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 211M 10s
1150K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 182M 9s
1200K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 135M 9s
1250K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 214M 9s
1300K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 217M 8s
1350K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 196M 8s
1400K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 11.1M 8s
1450K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 27.0M 8s
1500K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 35.9M 8s
1550K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 34.2M 8s
1600K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 25.0M 7s
1650K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 31.7M 7s
1700K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 102M 7s
1750K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 131M 7s
1800K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 128M 7s
1850K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 86.1M 7s
1900K .......... .......... .......... .......... .......... 1% 9.10M 7s
1950K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 40.0M 7s
2000K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 151M 6s
2050K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 158M 6s
2100K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 159M 6s
2150K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 139M 6s
2200K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 154M 6s
2250K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 160M 6s
2300K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 154M 6s
2350K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 9.57M 6s
2400K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 34.4M 6s
2450K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 18.5M 6s
2500K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 67.2M 6s
2550K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 130M 6s
2600K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 153M 5s
2650K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 153M 5s
2700K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 11.3M 5s
2750K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 22.3M 5s
2800K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 95.6M 5s
2850K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 154M 5s
2900K .......... .......... .......... .......... .......... 2% 152M 5s
2950K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 133M 5s
3000K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 152M 5s
3050K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 157M 5s
3100K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 145M 5s
3150K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 124M 5s
3200K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 151M 5s
3250K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 151M 5s
3300K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 15.1M 5s
3350K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 31.5M 5s
3400K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 153M 5s
3450K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 156M 5s
3500K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 147M 4s
3550K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 129M 4s
3600K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 15.2M 4s
3650K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 16.4M 4s
3700K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 101M 4s
3750K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 130M 4s
3800K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 154M 4s
3850K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 150M 4s
3900K .......... .......... .......... .......... .......... 3% 151M 4s
3950K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 131M 4s
4000K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 152M 4s
4050K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 178K 11s
4100K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 27.7M 10s
4150K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 24.3M 10s
4200K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 171M 10s
4250K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 233M 10s
4300K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 243M 10s
4350K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 222M 10s
4400K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 157M 10s
4450K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 235M 10s
4500K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 212M 10s
4550K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 233M 9s
4600K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 179M 9s
4650K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 231M 9s
4700K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 229M 9s
4750K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 229M 9s
4800K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 193M 9s
4850K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 224M 9s
4900K .......... .......... .......... .......... .......... 4% 3.51M 9s
4950K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 13.2M 9s
5000K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 8.22M 9s
5050K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 20.4M 9s
5100K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 224M 9s
5150K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 218M 9s
5200K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 180M 9s
5250K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 176M 9s
5300K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 237M 9s
5350K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 198M 9s
5400K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 179M 8s
5450K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 192M 8s
5500K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 190M 8s
5550K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 222M 8s
5600K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 193M 8s
5650K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 197M 8s
5700K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 207M 8s
5750K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 213M 8s
5800K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 188M 8s
5850K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 5.49M 8s
5900K .......... .......... .......... .......... .......... 5% 19.4M 8s
5950K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 21.4M 8s
6000K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 10.8M 8s
6050K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 3.58M 8s
6100K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 22.6M 8s
6150K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 22.2M 8s
6200K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 207M 8s
6250K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 242M 8s
6300K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 237M 8s
6350K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 247M 8s
6400K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 196M 8s
6450K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 245M 8s
6500K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 247M 7s
6550K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 245M 7s
6600K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 224M 7s
6650K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 251M 7s
6700K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 249M 7s
6750K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 250M 7s
6800K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 207M 7s
6850K .......... .......... .......... .......... .......... 6% 251M 7s
6900K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 249M 7s
6950K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 248M 7s
7000K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 224M 7s
7050K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 246M 7s
7100K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 24.5M 7s
7150K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 20.0M 7s
7200K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 17.6M 7s
7250K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 20.0M 7s
7300K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 19.8M 7s
7350K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 24.7M 7s
7400K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 210M 7s
7450K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 243M 7s
7500K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 245M 7s
7550K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 247M 7s
7600K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 208M 7s
7650K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 243M 7s
7700K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 247M 6s
7750K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 246M 6s
7800K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 223M 6s
7850K .......... .......... .......... .......... .......... 7% 5.93M 6s
7900K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 212M 6s
7950K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 242M 6s
8000K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 206M 6s
8050K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 248M 6s
8100K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 238M 6s
8150K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 280K 8s
8200K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 146M 8s
8250K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 92.0M 8s
8300K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 3.04M 8s
8350K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 192M 8s
8400K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 191M 8s
8450K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 199M 8s
8500K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 207M 8s
8550K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 229M 8s
8600K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 204M 8s
8650K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 239M 8s
8700K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 236M 8s
8750K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 2.85M 8s
8800K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 46.6M 8s
8850K .......... .......... .......... .......... .......... 8% 197M 8s
8900K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 199M 8s
8950K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 220M 8s
9000K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 206M 8s
9050K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 203M 8s
9100K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 228M 8s
9150K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 235M 8s
9200K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 198M 8s
9250K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 223M 7s
9300K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 236M 7s
9350K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 232M 7s
9400K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 207M 7s
9450K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 241M 7s
9500K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 228M 7s
9550K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 8.68M 7s
9600K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 18.8M 7s
9650K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 20.7M 7s
9700K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 4.10M 7s
9750K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 81.1M 7s
9800K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 198M 7s
9850K .......... .......... .......... .......... .......... 9% 238M 7s
9900K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 221M 7s
9950K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 235M 7s
10000K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 173M 7s
10050K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 223M 7s
10100K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 235M 7s
10150K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 237M 7s
10200K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 195M 7s
10250K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 238M 7s
10300K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 219M 7s
10350K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 235M 7s
10400K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 180M 7s
10450K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 225M 7s
10500K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 236M 7s
10550K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 220M 7s
10600K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 214M 7s
10650K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 239M 7s
10700K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 228M 7s
10750K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 217M 7s
10800K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 168M 7s
10850K .......... .......... .......... .......... .......... 10% 60.0M 7s
10900K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 14.3M 7s
10950K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 20.0M 7s
11000K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 18.5M 6s
11050K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 18.8M 6s
11100K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 5.75M 7s
11150K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 194M 6s
11200K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 157M 6s
11250K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 226M 6s
11300K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 230M 6s
11350K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 198M 6s
11400K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 212M 6s
11450K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 215M 6s
11500K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 230M 6s
11550K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 239M 6s
11600K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 173M 6s
11650K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 217M 6s
11700K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 241M 6s
11750K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 191M 6s
11800K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 216M 6s
11850K .......... .......... .......... .......... .......... 11% 239M 6s
11900K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 216M 6s
11950K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 223M 6s
12000K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 195M 6s
12050K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 215M 6s
12100K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 231M 6s
12150K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 237M 6s
12200K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 163M 6s
12250K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 230M 6s
12300K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 234M 6s
12350K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 218M 6s
12400K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 190M 6s
12450K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 234M 6s
12500K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 203M 6s
12550K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 185M 6s
12600K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 225M 6s
12650K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 213M 6s
12700K .......... .......... .......... .......... .......... 12% 206M 6s
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90450K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 227M 0s
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90650K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 100M 0s
90700K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 227M 0s
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90900K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 159M 0s
90950K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 233M 0s
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99250K .......... ... 100% 43.0M=2.1s
2021-08-22 18:01:01 (47.0 MB/s) - ‘./scarf_datasets/tenx_10K_pbmc_atacseq/data.h5’ saved [101645338/101645338]
INFO: Download finished! File saved here: ./scarf_datasets/tenx_10K_pbmc_atacseq/data.h5
time: 6.71 s (started: 2021-08-22 18:00:57 +00:00)
The above dataset gets saved under the directory scarf_datasets in our current working directory. You can modify save_path parameter to save data in location of your choice. The dataset above was downloaded in 10x’ HDF5 format. Let download few more datasets that are in differnet file formats.
[4]:
# This dataset is in MTX format along with barcodes and features TSV files.
scarf.fetch_dataset('xin_1K_pancreas_rnaseq', save_path='./scarf_datasets')
INFO: Download started...
--2021-08-22 18:01:04-- https://files.de-1.osf.io/v1/resources/zeupv/providers/osfstorage/5ffe1dd4e80d37042aa56f5a
Resolving files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)... 35.186.249.111
Connecting to files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)|35.186.249.111|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
Location: https://storage.googleapis.com/cos-osf-prod-files-de-1/6b9fb8385d92c43c19ab5e71aed87babc308a078babc218347c254a3b661b34b?response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3D%22barcodes.tsv.gz%22%3B%20filename%2A%3DUTF-8%27%27barcodes.tsv.gz&GoogleAccessId=files-de-1%40cos-osf-prod.iam.gserviceaccount.com&Expires=1629655325&Signature=VDD3nHxwOveG1oaAxLiEeQONr5cmHG3gud%2BQkgUc78%2FJRJJo%2FUZajs370msTFV65XQC3Ne2j7CNRhK%2F1bKKA7HjX0nj6f%2Fe7Bzp39yXydqZjP1oZ84mK1ibXiq86JIFsWckDkIf0m6UVbP7LObqzZRZ6lLXjY4M0lnJj2%2BuCehrZH8hfTPPg3eWQiOWd50VRo0DaOZ807cTI6XEWnVPTskS397xrnBWOt%2FQVfKcvkX3pKWNBDDbdp6CMEpd1%2B2jbMcvmN8HbJo5h15id9z86cnVC0cJRYfcBFfWDjT%2BhsMEdaK6PmZiMhChWgslYif9mf%2BFjf3nqNM5z7DN%2B6vpM8g%3D%3D [following]
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Resolving storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)... 172.217.4.48, 172.217.4.80, 172.217.4.208, ...
Connecting to storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)|172.217.4.48|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response...
INFO: Download finished! File saved here: ./scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq/barcodes.tsv.gz
INFO: Download started...
200 OK
Length: 3396 (3.3K) [application/octet-stream]
Saving to: ‘./scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq/barcodes.tsv.gz’
0K ... 100% 2.45M=0.001s
2021-08-22 18:01:06 (2.45 MB/s) - ‘./scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq/barcodes.tsv.gz’ saved [3396/3396]
--2021-08-22 18:01:06-- https://files.de-1.osf.io/v1/resources/zeupv/providers/osfstorage/5ffe1dd4ba0109040c892074
Resolving files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)... 35.186.249.111
Connecting to files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)|35.186.249.111|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
Location: https://storage.googleapis.com/cos-osf-prod-files-de-1/d0e50a4605d3ee26653d6623706aa83027bda6042caa7dda203b855a9247595c?response-content-disposition=attachment%3B%20filename%3D%22features.tsv.gz%22%3B%20filename%2A%3DUTF-8%27%27features.tsv.gz&GoogleAccessId=files-de-1%40cos-osf-prod.iam.gserviceaccount.com&Expires=1629655327&Signature=wA7e1ZMwCUTqyxAioRuxlZtRJxoTy5I3%2F2ScHhxEDVzGgcwDzS7aH93J%2FxRBRac%2B5C718HnTLRh5iAjmXndzQbOL21rHKtKh2y3dIBgveKJWv2vFDQwshFoH2whqgIGs4EyEf0OnLNXAAIqQBMRJl1QGG7l3lhkrsaLDVJLYE8jLSss26nrWGEhftfJ3EUUcGMUGH0auZXma9qIUr3SiyczCSarMWi2Bx%2FCdOfhZU562O9iBPgNRpl%2B%2FPYIpCUbPQ2et3M%2BXNOsl1ZmjBCSBokEAQ3bg6VgnOx9UR9Q%2BruSOdxKBGF46mZcYNsgz2%2BAlOkkBXSqqSWsfCMQ1p%2FMdoA%3D%3D [following]
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Resolving storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)... 172.217.4.48, 172.217.4.80, 172.217.4.208, ...
Connecting to storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)|172.217.4.48|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response...
INFO: Download finished! File saved here: ./scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq/features.tsv.gz
INFO: Download started...
200 OK
Length: 231635 (226K) [application/octet-stream]
Saving to: ‘./scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq/features.tsv.gz’
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200K .......... .......... ...... 100% 6.77M=0.07s
2021-08-22 18:01:08 (3.35 MB/s) - ‘./scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq/features.tsv.gz’ saved [231635/231635]
--2021-08-22 18:01:08-- https://files.de-1.osf.io/v1/resources/zeupv/providers/osfstorage/5ffe1dd5ba010904098913a7
Resolving files.de-1.osf.io (files.de-1.osf.io)... 35.186.249.111
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HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
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HTTP request sent, awaiting response... 302 Found
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Connecting to storage.googleapis.com (storage.googleapis.com)|142.251.32.16|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
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29200K .......... .......... .......... .......... .......... 71% 218M 1s
29250K .......... .......... .......... .......... .......... 71% 229M 1s
29300K .......... .......... .......... .......... .......... 71% 209M 1s
29350K .......... .......... .......... .......... .......... 71% 190M 1s
29400K .......... .......... .......... .......... .......... 72% 227M 1s
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29500K .......... .......... .......... .......... .......... 72% 214M 1s
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29600K .......... .......... .......... .......... .......... 72% 236M 1s
29650K .......... .......... .......... .......... .......... 72% 230M 1s
29700K .......... .......... .......... .......... .......... 72% 229M 1s
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30150K .......... .......... .......... .......... .......... 73% 207M 1s
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30350K .......... .......... .......... .......... .......... 74% 193M 1s
30400K .......... .......... .......... .......... .......... 74% 228M 0s
30450K .......... .......... .......... .......... .......... 74% 228M 0s
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30650K .......... .......... .......... .......... .......... 75% 211M 0s
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30750K .......... .......... .......... .......... .......... 75% 191M 0s
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30850K .......... .......... .......... .......... .......... 75% 234M 0s
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31300K .......... .......... .......... .......... .......... 76% 204M 0s
31350K .......... .......... .......... .......... .......... 76% 198M 0s
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31950K .......... .......... .......... .......... .......... 78% 183M 0s
32000K .......... .......... .......... .......... .......... 78% 205M 0s
32050K .......... .......... .......... .......... .......... 78% 193M 0s
32100K .......... .......... .......... .......... .......... 78% 217M 0s
32150K .......... .......... .......... .......... .......... 78% 185M 0s
32200K .......... .......... .......... .......... .......... 78% 171M 0s
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32350K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 178M 0s
32400K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 215M 0s
32450K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 199M 0s
32500K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 204M 0s
32550K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 197M 0s
32600K .......... .......... .......... .......... .......... 79% 207M 0s
32650K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 190M 0s
32700K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 207M 0s
32750K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 6.75M 0s
32800K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 17.3M 0s
32850K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 19.6M 0s
32900K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 19.5M 0s
32950K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 3.77M 0s
33000K .......... .......... .......... .......... .......... 80% 197M 0s
33050K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 246M 0s
33100K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 250M 0s
33150K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 251M 0s
33200K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 203M 0s
33250K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 249M 0s
33300K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 255M 0s
33350K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 249M 0s
33400K .......... .......... .......... .......... .......... 81% 216M 0s
33450K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 252M 0s
33500K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 221M 0s
33550K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 255M 0s
33600K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 197M 0s
33650K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 242M 0s
33700K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 238M 0s
33750K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 249M 0s
33800K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 202M 0s
33850K .......... .......... .......... .......... .......... 82% 256M 0s
33900K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 227M 0s
33950K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 239M 0s
34000K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 197M 0s
34050K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 252M 0s
34100K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 233M 0s
34150K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 255M 0s
34200K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 210M 0s
34250K .......... .......... .......... .......... .......... 83% 236M 0s
34300K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 252M 0s
34350K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 240M 0s
34400K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 207M 0s
34450K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 241M 0s
34500K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 239M 0s
34550K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 241M 0s
34600K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 223M 0s
34650K .......... .......... .......... .......... .......... 84% 239M 0s
34700K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 248M 0s
34750K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 234M 0s
34800K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 194M 0s
34850K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 5.17M 0s
34900K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 7.69M 0s
34950K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 18.8M 0s
35000K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 18.0M 0s
35050K .......... .......... .......... .......... .......... 85% 19.6M 0s
35100K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 24.9M 0s
35150K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 223M 0s
35200K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 175M 0s
35250K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 218M 0s
35300K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 229M 0s
35350K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 222M 0s
35400K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 211M 0s
35450K .......... .......... .......... .......... .......... 86% 216M 0s
35500K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 237M 0s
35550K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 190M 0s
35600K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 183M 0s
35650K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 225M 0s
35700K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 5.87M 0s
35750K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 189M 0s
35800K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 202M 0s
35850K .......... .......... .......... .......... .......... 87% 229M 0s
35900K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 182M 0s
35950K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 241M 0s
36000K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 190M 0s
36050K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 208M 0s
36100K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 227M 0s
36150K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 244M 0s
36200K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 184M 0s
36250K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 214M 0s
36300K .......... .......... .......... .......... .......... 88% 236M 0s
36350K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 210M 0s
36400K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 171M 0s
36450K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 227M 0s
36500K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 216M 0s
36550K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 211M 0s
36600K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 212M 0s
36650K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 235M 0s
36700K .......... .......... .......... .......... .......... 89% 183M 0s
36750K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 208M 0s
36800K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 182M 0s
36850K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 217M 0s
36900K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 231M 0s
36950K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 219M 0s
37000K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 201M 0s
37050K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 216M 0s
37100K .......... .......... .......... .......... .......... 90% 213M 0s
37150K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 170M 0s
37200K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 218M 0s
37250K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 194M 0s
37300K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 188M 0s
37350K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 155M 0s
37400K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 215M 0s
37450K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 194M 0s
37500K .......... .......... .......... .......... .......... 91% 193M 0s
37550K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 184M 0s
37600K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 190M 0s
37650K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 219M 0s
37700K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 214M 0s
37750K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 8.12M 0s
37800K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 6.62M 0s
37850K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 9.72M 0s
37900K .......... .......... .......... .......... .......... 92% 18.8M 0s
37950K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 4.03M 0s
38000K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 19.3M 0s
38050K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 30.6M 0s
38100K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 220M 0s
38150K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 197M 0s
38200K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 225M 0s
38250K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 208M 0s
38300K .......... .......... .......... .......... .......... 93% 225M 0s
38350K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 191M 0s
38400K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 220M 0s
38450K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 228M 0s
38500K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 230M 0s
38550K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 204M 0s
38600K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 229M 0s
38650K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 228M 0s
38700K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 228M 0s
38750K .......... .......... .......... .......... .......... 94% 193M 0s
38800K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 227M 0s
38850K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 229M 0s
38900K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 222M 0s
38950K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 205M 0s
39000K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 226M 0s
39050K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 229M 0s
39100K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 229M 0s
39150K .......... .......... .......... .......... .......... 95% 5.61M 0s
39200K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 18.9M 0s
39250K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 19.0M 0s
39300K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 20.0M 0s
39350K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 16.8M 0s
39400K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 22.8M 0s
39450K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 219M 0s
39500K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 226M 0s
39550K .......... .......... .......... .......... .......... 96% 180M 0s
39600K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 225M 0s
39650K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 220M 0s
39700K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 226M 0s
39750K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 206M 0s
39800K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 225M 0s
39850K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 230M 0s
39900K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 224M 0s
39950K .......... .......... .......... .......... .......... 97% 190M 0s
40000K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 229M 0s
40050K .......... .......... .........
INFO: Download finished! File saved here: ./scarf_datasets/bastidas-ponce_4K_pancreas-d15_rnaseq/data.zarr.tar.gz
time: 7.87 s (started: 2021-08-22 18:01:12 +00:00)
. .......... .......... 98% 5.02M 0s
40100K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 19.7M 0s
40150K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 17.3M 0s
40200K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 19.2M 0s
40250K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 36.0M 0s
40300K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 203M 0s
40350K .......... .......... .......... .......... .......... 98% 173M 0s
40400K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 212M 0s
40450K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 216M 0s
40500K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 216M 0s
40550K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 175M 0s
40600K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 202M 0s
40650K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 219M 0s
40700K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 221M 0s
40750K .......... .......... .......... .......... .......... 99% 171M 0s
40800K .......... .......... .......... .......... ...... 100% 256M=1.7s
2021-08-22 18:01:20 (23.9 MB/s) - ‘./scarf_datasets/bastidas-ponce_4K_pancreas-d15_rnaseq/data.zarr.tar.gz’ saved [41826387/41826387]
2) Conversion to Scarf’s Zarr format file¶
Scarf stores data as dense, compressed chunks in Zarr file format. scarf.readers and scarf.writers modules contain classes that allow reading many different file formats and convert them to Zarr. There are oftent complementary reader and writer classes. Let’s explore them below.
From 10x’s HDF5 file format¶
[6]:
# Change file_type to 'rna' in case of sc-RNA-seq or CITE-Seq
reader = scarf.CrH5Reader('scarf_datasets/tenx_10K_pbmc_atacseq/data.h5', file_type='atac')
writer = scarf.CrToZarr(reader, zarr_fn='scarf_datasets/pbmc_atac.zarr') # change value of `zarr_fn` to your choice of filename and path
writer.dump()
100%|██████████| 10/10 [00:27<00:00, 2.71s/it]
time: 27.7 s (started: 2021-08-22 18:01:20 +00:00)
From 10x’s (Cellranger) MTX file format¶
scarf.CrDirReader class reads MTX files generated by Cellranger pipeline. CrDirReader stands for ‘Cellranger directory reader’. Once read in, the data can be dumped into Zarr format using scarf.CrToZarr class. Following is an example of how to do this conversion:
[7]:
# Note here we only give name of directory containing MTX file (along with barcodes and features file)
reader = scarf.CrDirReader('scarf_datasets/xin_1K_pancreas_rnaseq', file_type='rna')
writer = scarf.CrToZarr(reader, zarr_fn='scarf_datasets/xin_1K.zarr') # change value of `zarr_fn` to your choice of filename and path
writer.dump()
WARNING: feature_types extraction failed from features.tsv.gz in column 2
100%|██████████| 2/2 [00:06<00:00, 3.03s/it]
time: 6.42 s (started: 2021-08-22 18:01:47 +00:00)
From Anndata H5ad file format¶
[8]:
# Note here we only give name of directory containing MTX file (along with barcodes and features file)
reader = scarf.H5adReader('scarf_datasets/bastidas-ponce_4K_pancreas-d15_rnaseq/data.h5ad',
cell_ids_key = 'index', # Where Cell/barcode ids are saved under 'obs' slot
feature_ids_key = 'index', # Where gene ids are saved under 'var' slot
feature_name_key = 'gene_short_name') # Where gene names are saved under 'var' slot
writer = scarf.H5adToZarr(reader, zarr_fn='scarf_datasets/differentiating_pancreatic_cells.zarr') # change value of `zarr_fn` to your choice of filename and path
writer.dump()
INFO: `X` slot in H5ad file has unequal sized child groups
INFO: No value provided for assay names. Will use default value: 'RNA'
Reading attributes from group obs: 100%|██████████| 5/5 [00:00<00:00, 137.54it/s]
WARNING: Could not find feature names key: gene_short_name in `var`.
Reading attributes from group var: 100%|██████████| 2/2 [00:00<00:00, 34.72it/s]
100%|██████████| 4/4 [00:02<00:00, 1.44it/s]
time: 3.04 s (started: 2021-08-22 18:01:54 +00:00)
Conversion from Loom file formats is also supported using scarf.LoomReader and scarf.LoomToZarr which can be used in similar fashion as other readers and writers.
3) Exporting to data from Zarr file format¶
To Cellranger (10x) MTX format¶
[9]:
ds = scarf.DataStore('scarf_datasets/differentiating_pancreatic_cells.zarr')
INFO: Setting assay RNA to assay type: RNAassay
INFO: (RNA) Computing nCells and dropOuts
[########################################] | 100% Completed | 0.8s
INFO: (RNA) Computing nCounts
[########################################] | 100% Completed | 0.7s
INFO: (RNA) Computing nFeatures
[########################################] | 100% Completed | 0.8s
INFO: Computing percentage of RNA_percentMito
[########################################] | 100% Completed | 0.6s
INFO: Computing percentage of RNA_percentRibo
[########################################] | 100% Completed | 0.6s
time: 4.19 s (started: 2021-08-22 18:01:57 +00:00)
[10]:
scarf.writers.to_mtx(ds.RNA, mtx_directory='scarf_datasets/diff_pancreas')
100%|██████████| 4/4 [00:24<00:00, 6.02s/it]
time: 24.2 s (started: 2021-08-22 18:02:01 +00:00)
To H5ad format¶
Conversion to H5ad is the preferred mode as it runs much faster and produces files with smaller footprints. Updates are underway to include all the data from Zarr file like, UMAP, PCA and graph into anndata
[11]:
ds = scarf.DataStore('scarf_datasets/differentiating_pancreatic_cells.zarr')
time: 19 ms (started: 2021-08-22 18:02:25 +00:00)
[12]:
scarf.writers.to_h5ad(ds.RNA, h5ad_filename='scarf_datasets/diff_pancreas.h5ad')
100%|██████████| 4/4 [00:05<00:00, 1.26s/it]
time: 5.11 s (started: 2021-08-22 18:02:25 +00:00)
Finally, let’s have a look at all the files that now exist in the our previously empty scarf_datasets directory
[13]:
ls -d scarf_datasets
scarf_datasets/
time: 964 ms (started: 2021-08-22 18:02:30 +00:00)
That is all for this vignette.