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repository
Index
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Z
A
add_percent_feature() (scarf.assay.Assay method)
ADTassay (class in scarf.assay)
Assay (class in scarf.assay)
assayNames (scarf.datastore.BaseDataStore attribute)
(scarf.datastore.GraphDataStore attribute)
(scarf.datastore.MappingDatastore attribute)
ATACassay (class in scarf.assay)
attrs (scarf.assay.Assay attribute)
auto_filter_cells() (scarf.datastore.DataStore method)
B
BaseDataStore (class in scarf.datastore)
C
cells (scarf.assay.Assay attribute)
(scarf.datastore.BaseDataStore attribute)
(scarf.datastore.GraphDataStore attribute)
(scarf.datastore.MappingDatastore attribute)
D
DataStore (class in scarf.datastore)
E
export_markers_to_csv() (scarf.datastore.DataStore method)
F
feats (scarf.assay.Assay attribute)
filter_cells() (scarf.datastore.DataStore method)
G
get_cell_vals() (scarf.datastore.BaseDataStore method)
get_imputed() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
get_mapping_score() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
get_markers() (scarf.datastore.DataStore method)
get_target_classes() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
GraphDataStore (class in scarf.datastore)
L
load_graph() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
load_unified_graph() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
M
make_bulk() (scarf.datastore.DataStore method)
make_graph() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
MappingDatastore (class in scarf.datastore)
mark_hvgs() (scarf.assay.RNAassay method)
(scarf.datastore.DataStore method)
mark_prevalent_peaks() (scarf.assay.ATACassay method)
(scarf.datastore.DataStore method)
metadata (in module scarf)
N
name (scarf.assay.Assay attribute)
normed() (scarf.assay.ADTassay method)
(scarf.assay.Assay method)
(scarf.assay.ATACassay method)
(scarf.assay.RNAassay method)
normMethod (scarf.assay.Assay attribute)
nthreads (scarf.assay.Assay attribute)
(scarf.datastore.BaseDataStore attribute)
(scarf.datastore.GraphDataStore attribute)
(scarf.datastore.MappingDatastore attribute)
P
plot_cells_dists() (scarf.datastore.DataStore method)
plot_cluster_tree() (scarf.datastore.DataStore method)
plot_layout() (scarf.datastore.DataStore method)
plot_marker_heatmap() (scarf.datastore.DataStore method)
plot_unified_layout() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
R
rawData (scarf.assay.Assay attribute)
readers (in module scarf)
RNAassay (class in scarf.assay)
run_cell_cycle_scoring() (scarf.datastore.DataStore method)
run_clustering() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
run_leiden_clustering() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
run_mapping() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
run_marker_search() (scarf.datastore.DataStore method)
run_pseudotime_scoring() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
run_topacedo_sampler() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
run_tsne() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
run_umap() (scarf.datastore.GraphDataStore method)
run_unified_tsne() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
run_unified_umap() (scarf.datastore.MappingDatastore method)
S
save_normalized_data() (scarf.assay.Assay method)
score_features() (scarf.assay.Assay method)
set_default_assay() (scarf.datastore.BaseDataStore method)
set_feature_stats() (scarf.assay.ATACassay method)
(scarf.assay.RNAassay method)
sf (scarf.assay.Assay attribute)
show_zarr_tree() (scarf.datastore.DataStore method)
T
to_anndata() (scarf.datastore.DataStore method)
to_raw_sparse() (scarf.assay.Assay method)
W
writers (in module scarf)
Z
z (scarf.assay.Assay attribute)
(scarf.datastore.BaseDataStore attribute)
(scarf.datastore.GraphDataStore attribute)
(scarf.datastore.MappingDatastore attribute)